原型机由硬件、软件和应用三大系统组成。中央处理器、消息处理芯片等关键核心器件全部实现国产化。
神威E级原型机首次在国产超级计算机上构建了人工智能软件生态链。在研制期测试期间，E级原型计算机就已完成包括全球气候变化、生物医药仿真、大数据处理和人工智能等12个领域的35项重大计算任务。例如在天气预报领域的应用，已经从过去的公里级别提升到米级，甚至可以精确预测一个体育馆上空的天气情况。而在医药领域的应用更是突飞猛进。
中科院国家超级计算济南中心主任张云泉：通过超级计算机的加入，可以把过去新药品的研制周期从过去的几年时间缩短到几星期的时间。极大地降低新药的研发成本，降低药品的价格。
